А вскоре Борис Ильич Збарский был официально назначен особым постановлением правительства временным исполняющим обязанности руководителя чрезвычайной группы по сохранению тела Ленина. Профессор привёл в группу двух своих любимых учеников, а точнее ученика и ученицу, которой была 21-летняя Софья Шорт.
Также Збарский активно пытался привлечь к работе талантливого харьковского учёного Владимира Петровича Воробьёва. Они познакомились в 1921 году. Воробьёв только что возвратился в большевистскую Россию из недолгой эмиграции в Париж, куда он бежал как военврач добровольческой армии генерала Деникина. Есть люди, которые просто физиологически не могут жить на чужбине, и Владимир Петрович безусловно относился к их числу. Воробьёв рискнул вернуться на родину, хотя отлично понимал, что его здесь может ожидать. Похоже он не питал иллюзий на тот счёт, что новые хозяева страны простят ему его офицерское прошлое. Кроме того, подпись Воробьёва в качестве судебного эксперта стояла на хорошо известных в Европе протоколах, зафиксировавших зверские расправы красных над пленными и ранеными офицерами в 1918 году во время хаотического отступления Добровольческой армии от Ростова.
С другой стороны Воробьёв был незаменимым экспертом в своей области, и ради этого большевики были даже готовы закрыть глаза на его контрреволюционное прошлое. К «уговорам» вовремя подключилось ВЧК (а), агенты которого подсуетились в качестве дополнительного аргумента в переговорах арестовать всю харьковскую родню Воробьёва. Родственников «господина из Парижа» использовали в качестве заложников его согласия или несогласия сотрудничать с новой властью. Скорее всего именно страх и огромное желание вернуться в родной город и предопределили в конечном итоге согласие Воробьёва принять участие в сохранении тела ненавистного ему Ленина. Со стороны Владимира Петровича это была очевидная сделка с собственной совестью, ведь антихрист, чьи останки он собирался сберечь для вечности, был главным виновником всех его жизненных бед. Но именно ему, как наиболее авторитетному в своей области специалисту даже доверили возглавить особую научную группу.
Итак, 26 марта 1924 года группа учёных приступила к работам в мавзолее, который в ту пору представлял собой наспех сколоченную фанерную многоступенчатую будку, имитирующую древнеегипетские погребальные храмы. Охранял культовое сооружение всего лишь один красноармеец, замотанный в два тулупа, отчего ему было достаточно комфортно на лютом морозе, но крайне несподручно заряжать и прицеливаться из винтовки, случись вдруг такая необходимость. Хотя, кого мог всерьёз заинтересовать странный сарай у кремлёвской стены, разве что нуждающихся в топливе для растопа печей-буржуек.
Из всех собравшихся в промёрзшем помещении людей реальный опыт бальзамирования человеческих трупов имела только Софья, да и то в качестве ассистента своего приёмного отца. А её руководители, — те и вовсе до этого экспериментировали только на небольших животных. Вдобавок над всеми постоянно висел страх совершить непоправимую ошибку и лишиться головы. Тем не менее необходимо было срочно решаться на большой эксперимент, хотя ситуация к тому времени была уже почти безнадёжной: по телу пошли многочисленные трупные пятна, у покойного открылись глаза и рот, началось гниение. 21 марта Дзержинский от имени Комиссии ЦИК СССР по организации похорон В. И. Ленина направил Воробьёву письмо следующего содержания:
«Комиссия предлагает вам, Владимир Петрович, принять необходимые меры для возможно более длительного сохранения тела в том виде, в каком оно находится ныне. Комиссия наделяет вас особыми полномочиями набирать сотрудников по своему выбору, применять те меры, которые вы посчитаете необходимыми. В качестве особых комиссаров к вам прикомандировываются два сотрудника ВЧК (а) — товарищи Пьяных и Борштейн, в задачу которых входит по первому вашему требованию доставать для Вас и ваших людей транспорт, продукты питания, необходимые медицинские материалы. Вам также предоставляется право при первой же надобности требовать всё необходимое от руководителей советских и частных учреждений любого уровня».
С самого начала работ все участники проекта практически поселились в мавзолее, а точнее в его глубинном помещении, где температура редко поднималась выше 0 градусов. Ни на секунду нельзя было упускать из вида тело Ленина. Труп на много часов погружали в ванную, наполненную специальным физиологическим раствором до полной его пропитки. Но прежде действие каждого раствора проверяли на другом мертвеце. По виду это был какой-то крестьянин примерно того же роста и телосложения, что и Ленин. Однажды ночью его труп специально доставили в мавзолей прикомандированные агенты ЧК. Где они его взяли, и умер ли этот человек собственной смертью или же был просто убит чекистами ради великой цели, никто не знал. Во всяком случае огнестрельных или резанных ран на этом трупе не было, но ведь опытный человек запросто может лишить человека жизни и не оставляя следов.
Напряжение первых недель работы было так велико, что уже 27 апреля второй ассистент Збарского был госпитализирован с диагнозом «нервное истощение». Учёные практически не появлялись в специально забронированных для них номерах близлежащей гостиницы «Варварьинское подворье», поэтому по личному распоряжению Дзержинского по Красной площади срочно была проложена военными сапёрами железнодорожная ветка, по которой к самому мавзолею подогнали прекрасно обогреваемый пульмановский салон-вагон со спальными местами и кухней. Установленные в рабочем помещении склепа нагреватели смогли поднять температуру воздуха до плюс 16 градусов.